Apply option changes immediately, not on decode stack rebuild

Add DecodeSignal and Session error logging

Logging: Make logging thread-safe

Otherwise, we crash when two threads try to add entries to the log
at the same time.

view.cpp: Drop unneeded parenthesis.

Fix build with -DENABLE_DECODE=n.

Fix two clang-tidy warnings.

CMakeLists.txt: Set CMake policy CMP0054 to NEW.

This prevents the following warnings upon a second cmake run:

  CMake Warning (dev) at /usr/share/cmake-3.10/Modules/CMakePushCheckState.cmake:65 (if):
    Policy CMP0054 is not set: Only interpret if() arguments as variables or
    keywords when unquoted.  Run "cmake --help-policy CMP0054" for policy
    details.  Use the cmake_policy command to set the policy and suppress this
    warning.
    Quoted variables like "HAVE_CXX_ATOMICS_WITHOUT_LIB" will no longer be
    dereferenced when the policy is set to NEW.  Since the policy is not set
    the OLD behavior will be used.
  Call Stack (most recent call first):
    CMakeLists.txt:123 (cmake_push_check_state)
    CMakeLists.txt:139 (check_working_cxx_atomics)
  This warning is for project developers.  Use -Wno-dev to suppress it.

CMakeLists.txt: Set CMake policy CMP0071 to NEW.

This fixes bug #1143.

DecodeSignal: Re-create SRD session when changes are pending

DecodeSignal: Reset and re-use existing decoder sessions

Instead of destroying and re-creating decoder sessions, re-use
previously created sessions by just terminating their current work and
resetting internal state.

This implementation most proboably is incomplete in respect of changes
to the stack hierarchy or individual decoders' properties. This needs
more attention. When the stack is kept but its configuration has changed,
the involved properties need to get "somehow applied to" the stack's
instances before re-using it with new input data will yield correct results.

logging: Minor consistency fixes.

logging: Use different color for srd log messages.

The old brown color looked pretty reddish on some monitors (which
could be confused to mean "error"), select a slightly different color.

Session: Set "segment complete" flags when no frames are used

Without this, A2L conversion is skipped for segment sizes smaller
than ConversionBlockSize, e.g. when acquiring only 100 samples.

Really fix #1125 (and maybe #1139)

manpage: Mention -s | --log-to-stdout option.

GlobalSettings: Announce settings changes to allow logging

Settings: Change page list design

This may also fix #1095, we'll see.

Main: Create human-readable stack trace and notify user

Main: Add missing --no-scan long option for -D

Main: Add -s option to allow logging to console as before

SignalHandler: Rename include guard

Add logging mechanism

Add boost::stacktrace support

CMakeLists.txt: Fix a build issue on MSYS2.

Only apply an MXE-specific workaround on MXE (but not when building
natively using MSYS2), otherwise there are issues on MSYS2.

CMakeLists.txt: Only add Qt5PlatformSupport for Qt < 5.8.0.

Qt5PlatformSupport was removed in Qt 5.8.0.

fix catching polymorphic types by value

Compiling with GCC 8 produces a new warning about catching polymorphic
types by value. Proper way is to use references instead.

/home/sharkcz/projects/pulseview/main.cpp: In function ‘int main(int, char**)’:
/home/sharkcz/projects/pulseview/main.cpp:229:22: error: catching polymorphic type ‘class std::exception’ by value [-Werror=catch-value=]
   } catch (exception e) {
                      ^
cc1plus: all warnings being treated as errors

Fix #1128 by showing firmware and PD search paths in settings dialog

Apply changes suggested by clang-tidy

Fix #1125 by adding a missing typecast

Without this typecast, the return type of get_sample_count() is
a uint64_t, which doesn't go well when it's 0 and we subtract 1
from it. Assigning the result of this underflow to an int64_t
doesn't help, it's too late.

SignalBase: Speed up conversion and prevent leaving samples unconverted

Unconverted samples can happen due to a race condition: being notified
of new samples coming in is ignored when the thread is already executing.
If these notifications however were the last ones sent out because the
segment was completed right after, the currently ongoing conversion
will finish but not be restarted with the final sample range.

With this patch, this is prevented.

Adjust signal to changes made in 7f894d958

This one slipped through and needs adjustment.

MainBar: Style fixes

Fix #928 by catching errors if config_list() fails

MainBar::config_list() may fail so catch errors and don't segfault.
Discovered using an OLS with unknown firmware not supporting metadata.

Signed-off-by: Wolfram Sang <wsa@the-dreams.de>

Fix #1132 by passing segment IDs, not segment instances

Passing segment instances fails because this creates a race condition.
When a long conversion is taking place, the SignalBase::samples_added
signal is called often but since it's in a separate thread, the calls
are queued and aren't executed immediately. Now if the conversion is
restarted - for example as a result of a changed conversion threshold -
then the segments holding the converted data are destroyed, rendering
the pointers submitted as parameters to samples_added invalid.

Once the signal queue is processed, those invalid pointers will be
accessed and PV segfaults.

Since the signal queue can neither be emptied nor flushed, this
leaves only two sensible choices:
1) Signal samples_added less often, thereby reducing the chance of
signals being queued
2) Supply the segment ID instead of the segment instance as that's
essentially the only thing we currently care about - in fact, the
only user of samples_added (ViewBase::on_samples_added) uses the
instance to query only this

As #1 is only a band-aid and not a waterproof solution, I chose
to go with #2.

Session: Fix trigger handling

GlobalSettings: Remove unneeded include/using

Session: Add error messages

Tiny whitespace fix

Fix #1038 by catching invalid cursor ranges

MinGW: Fix a compile error due to a missing #include.

  In file included from [...]/pv/globalsettings.cpp:20:0:
  [...]/pv/globalsettings.hpp:31:12: error: 'std::function' has not been declared
   using std::function;
              ^
  test/CMakeFiles/pulseview-test.dir/build.make:88: recipe for target 'test/CMakeFiles/pulseview-test.dir/__/pv/globalsettings.cpp.obj' failed
  make[2]: *** [test/CMakeFiles/pulseview-test.dir/__/pv/globalsettings.cpp.obj] Error 1
  make[2]: *** Waiting for unfinished jobs....
  [  5%] Building CXX object CMakeFiles/pulseview.dir/pv/globalsettings.cpp.obj
  In file included from [...]/pv/globalsettings.cpp:20:0:
  [...]/pv/globalsettings.hpp:31:12: error: 'std::function' has not been declared
   using std::function;
              ^

Add #include <functional> everywhere where std::function is used. Only
the occurence in globalsettings.hpp was causing an actual build failure
on MinGW, though.

fix PulseView compilation with ENABLE_DECODE set to OFF

MainBar: fixup file extension filter in "Import File" dialog

The previous implementation used a "*" filter when a file of any other
format than srzip got imported. This happened to be a duplicate of
"All files", and ignored the list of filename extensions provided by
the input formats.

This change does respect the input format's file extensions, and copes
with the lack of such a list (raw binary), as well as lists that have
one (most formats), or multiple extensions (raw analog).

This fixes bug #1039.

Another byproduct of the change is that extensions and their decoration
(separators, parentheses) move outside of tr() calls. These technical
details shall not concern translators, and translations for human
languages shall not break the filter mechanism.

This implementation might be "too complex, computationally expensive".
But it works, and fixes an issue, and the code path executes seldom and
waits for user interaction anyway. Cost reduction can get applied later.

Fix #1089 by updating the signal labels and group labels

Group names currently don't change, so this doesn't do much
but they may change in the future, so it's useful to do anyway.

Ruler tick legends don't partly disappear when scrolled off the ends

Rework the callback mechanism for the global settings

Up to now, registered callbacks could not be unregistered
because std::function does not permit comparing for equality.

Using an interface class removes the need for std::function,
making the mechanism a little less elegant but at least fully
functional.

View: Fully integrate the "zero trigger time" setting

Session/View: Save triggers in a list and use it

Session: Clean up header a little

Adjust unit tests

Change the number of minor ticks to be either 4 or 5

Depends on the current tick interval size, in the sense of the 1, 2, 5
sequence. It was originally always 4.

Provide a settings checkbox for showing zero at the trigger

DecodeSignal: only pass non-zero sample rate to decoders

As reported in bug #1118 not all input sources provide a samplerate, and
decoder instances may not cope with a rate spec of 0. Only pass non-zero
sample rates to the decoder stack. This improves robustness in addition
to the specific fix for #1118 in the decoders' implementations.

doc: Update pulseview(1) manpage, add --no-scan option (-D)

main: introduce -D cmdline option, don't auto-scan for devices

Add a -D command line option which skips auto-detection of devices upon
startup. This can speedup program startup for setups with known devices,
and allows to skip the scan for troubled drivers which might break the
startup phase.

This -D option can be combined with -d specs, either presence or absence
of -d is acceptable when -D is specified. Users still can interactively
scan for and use devices after program startup.

This resolves bug #1116.

win32: Use -mwindows only for non-Debug targets.

Direct cmake to apply the -mwindows linker switch based on a cmake
command line argument rather than by using a patch file. The command
line argument is -DCMAKE_BUILD_TYPE=xxxxx and applies the linker switch
only to WIN32 builds that are not Debug.

DecodeSignal: Void a session pointer after destroy() call

Fixup an error path when starting a created decoder session fails.

main.cpp: check log level range before using its value

(Silently) ignore invalid -l loglevel specs. This avoids a crash
reported in bug #1071.

Fix unit tests

Add segment display mode UI controls and some related changes

Add segment display mode icons

Session: Make get_segment_count() consider all segments

Also changes the type for the getters to uint32_t.

Supply the segment ID when adding samples to optimize trace painting

Use case is as follows:
- Capture 20+ segments with ~500kS each
- Afterwards, enable conversion for a channel

Without this change, the converted logic will be repainted
20++ times because we are only told that new samples were
added but not which segment.

With this change, the logic trace is only painted when we
see that samples were added to the segment we're showing.

Add segment_id to all segment classes

LogicSegment: Don't use new/delete in get_unpacked_sample()

LogicSegment: Limit end in get_subsampled_edges() if needed

This is necessary because there is a race condition between
adding samples and trace repainting.

SignalBase: Don't terminate conversion when there's no data

Instead of terminating, we wait instead.
We do this because SignalBase::on_samples_added() somehow doesn't
reliably see that there's no conversion thread active anymore.
conversion_thread_.joinable() returns true when the thread was
already terminated for whatever reason, resulting in on_samples_added()
trying to notify a non-existant thread.

Implement Trace::ShowLastCompleteSegmentOnly display mode

DecodeSignal: Restructure metadata handling

Instead of handling the metadata separately from the mux/decode segments,
it's much neater to handle both together. Doing this also allows us to
remove the need for query_input_metadata() since we're taking the metadata
from the muxed logic segments.

SignalBase: Implement multi-segment conversion

Finalize segment decoding

View: Fixes related to multi-segment display

DecodeSignal: Mux all segments

Prepare multi-segment protocol decoding ability

DecodeSignal: Allow muxed logic data to be cached

DecodeSignal: Rename some items

Begin PD multisegment support

Move current_segment_ to Trace

Flesh out segment display mode handling

Implement segment display mode handling and update notifications

Don't set SR_CONF_LIMIT_FRAMES to 1

Make it pass desktop-file-validate

https://travis-ci.org/AppImage/appimage.github.io/builds/306921880#L695

DecodeSignal: Make sure bit IDs are always up-to-date

https://www.youtube.com/watch?v=mw6Bd6Hv168 shows what
happens when this isn't done.

Session: Fix mismatched delete operator.

Mismatched free() / delete / delete []
   at 0x4C2D31B: operator delete(void*) (vg_replace_malloc.c:576)
   by 0x1C76D0: operator() (unique_ptr.h:78)
   by 0x1C76D0: ~unique_ptr (unique_ptr.h:268)
   by 0x1C76D0: pv::data::AnalogSegment::append_interleaved_samples(float const*, unsigned long, unsigned long) (analogsegment.cpp:78)
...
Address 0x1d123f70 is 0 bytes inside a block of size 312 alloc'd
   at 0x4C2C97F: operator new[](unsigned long) (vg_replace_malloc.c:423)
   by 0x1C765E: pv::data::AnalogSegment::append_interleaved_samples(float const*, unsigned long, unsigned long) (analogsegment.cpp:78)
   by 0x1AFDD5: pv::Session::feed_in_analog(std::shared_ptr<sigrok::Analog>) (session.cpp:1142)

.gitignore: Don't care about the doxygen-generated files.

Session: Fix mismatched delete operator.

Valgrind reported this here:

Mismatched free() / delete / delete []
   at 0x4C2D31B: operator delete(void*) (vg_replace_malloc.c:576)
   by 0x1C76D0: operator() (unique_ptr.h:78)
   by 0x1C76D0: ~unique_ptr (unique_ptr.h:268)
   by 0x1C76D0: pv::data::AnalogSegment::append_interleaved_samples(float const*, unsigned long, unsigned long) (analogsegment.cpp:78)
   by 0x1AFDD5: pv::Session::feed_in_analog(std::shared_ptr<sigrok::Analog>) (session.cpp:1142)
   by 0x1B043C: pv::Session::data_feed_in(std::shared_ptr<sigrok::Device>, std::shared_ptr<sigrok::Packet>) (session.cpp:1187)
...
 Address 0x1cbf6b90 is 0 bytes inside a block of size 940 alloc'd
   at 0x4C2C97F: operator new[](unsigned long) (vg_replace_malloc.c:423)
   by 0x1C765E: pv::data::AnalogSegment::append_interleaved_samples(float const*, unsigned long, unsigned long) (analogsegment.cpp:78)
   by 0x1AFDD5: pv::Session::feed_in_analog(std::shared_ptr<sigrok::Analog>) (session.cpp:1142)

Rework new segment notification mechanism

Append new segments to the end, not the beginning of the list

Session: Query the device's sample rate when needed, not sooner

DecodeSignal: Remove outdated code and comment

SignalBase: Make sure PDs are restarted when conv options change

TraceView: Properly handle the header resizing events

TraceView: Make header resize state determination reliable

View: Move comment to where it belongs

Adjust trace view header width when signal names change

This change is primarily needed because before, newly
created decode signals had a name assigned to them at time
of the constructor call. This changed, and now the name
is empty upon creation, breaking the previously working
header size adjustment.

DecodeTrace: Reset cached trace properties when decoder stack resets

DecodeSignal: Break up annotation storage to allow multiple segments

Implement showing only the selected segment

Add segment selector UI + helpers

rowdata: Use emplace_back() for Annotation objects.

This should eliminate one unnecessary allocation per annotation.

Rename DecodeSignal::segment_ to logic_mux_segment_ for clarity