Fix assertions

Fix unit tests

Apply some clang-tidy fixes.

This patch was generated using clang-tidy:

  clang-tidy -checks="-*,..." -fix

The following set of checks was enabled:

  modernize-use-nullptr,modernize-deprecated-headers,modernize-make-shared,
  modernize-redundant-void-arg,modernize-use-bool-literals,
  modernize-use-emplace,modernize-use-equals-default,
  google-readability-namespace-comments,misc-unused-using-decls

Add NOLINT to have clang-tidy (among other tools) ignore some lines
that are not meant to be changed.

DecodeSignal: Auto-assign only the channels of newly added decoders

Before, the channels of all decoders in the stack were auto-assigned,
potentially messing up the configuration the user chose.

SignalBase: Adjust Schmitt-trigger thresholds

Currently, the thresholds are determined by the minimum
and maximum values of a signal. From those, we derive the
high and low thresholds by using a 10% margin to min/max.

However, this approach doesn't work very well when the
measurement includes reset conditions or similar, causing
spikes that raise the min/max significantly.

Example:
sigrok-dumps/i2c/eeprom_24xx/microchip_24lc64/sainsmart_dds120_powerup_scl_sda_analog.sr

This patch changes the thresholds margins to 35%. However,
they are expressed differently: (max-min)/2 is used as the
center line, from which 15% of the amplitude (max-min) is
used as the margin. This way seems a little more intuitive
for me since the percentage given (15) is directly proportional
to the hysteresis.

DecodeSignal: Improve robustness

Make sigrok::Context semi-global and use libsigrok A2L methods

Make get_raw_samples() use provided mem instead of allocating

Until now, Segment::get_raw_samples() was allocating the required
amount of memory and returned it to the caller to use. This way,
there was always enough memory allocated for the data that was
written to that memory location.

However, in SignalBase::conversion_thread_proc() we want to use
one memory location multiple times because we will create several
layers of libsigrok wrapper objects around it. This only works
if Segment::get_raw_samples() uses a given memory location instead
of allocating it by itself.

DecodeSignal: Remove global SRD mutex

libsigrokdecode commit 514b2edc54efda9c6698456748c4256bb901eddd
makes it thread-safe, so PV can now access it whenever it wants,
not needing to care about concurrent access.

Fix #831 by saving/restoring PD options

Fix #888 by incrementing i only once per iteration

Fix #831 by saving/restoring the PD channel mapping

Fix #832 by saving/restoring the decoder stack without settings

Session: Break up add_decoder()

Rename "always zoom-to-fit" to "zoom-to-fit during acquisition"

Fix #236 by introducing "zoom-to-fit when acquisition stops" option

GlobalSettings: Enable "show sampling points" by default

Decode: Improve signaling

Three issues that were fixed by this:
1) The SignalBase did notify PDs when its conversion changed
and new sample data was generated but this was dismissed as
the samples_cleared() signal was never fired nor used by the
PD stack.

2) The decode_finished() signal was added so that the decode
trace can immediately paint the trace once the PD is done.
Before, a repaint was only triggered when annotations came in,
resulting in a noticeable "unresolved period" visible if the
last stretch of signal didn't contain any annotations as the
trace wasn't repainted quickly enough.

3) The decode trace indirectly looks at the signal's
samples_decoded_ member when drawing the "unresolved period"
bar. Hence we should update this member before triggering the
repaint via new_annotations().

Fix #981 by adding non-device signals upon view creation

DecodeSignal: Don't assume channels always have logic data

It could be that a signal was assigned to a decoder when it
had a conversion enabled, then the conversion was removed.
This means the signal may no longer provide logic data but
as it's still assigned to the decoder, it will try to access
the logic data and... boom.

DecodeSignal: Provide conversion data container sooner

Before, the converted_data_ container was only created
once we had sample data coming in. This meant that it
wasn't possible to assign a converted signal to a decoder.

With this change, the data container is created even
when there is no data to fill it with, allowing logic_data()
to return a valid result and in turn allowing the user
to assign the signal to a decoder.

DecodeSignal: Adjust the DecodeChunkLength

The initial 4096 was too low, though it did make the UI
quite responsive. In 9cc264 it was increased to 10*1024*1024
to speed up decoding but that makes the UI stall very badly
under certain circumstances (e.g. when changing the baud rate
for UART by entering digits).
The reason is that every time a decoder property is changed,
the decode is restarted. Restarting the decode means that
the currently running processes need to shut down, so
they're told to do so and the GUI thread waits for them
to finish.
However, the srd_session_send() call is blocking, meaning
that libsrd will happily block the PV GUI thread until it's
done processing the current chunk of data.

For this reason, DecodeChunkLength can't be too high and
256*1024 looks like a reasonable compromise for now.

DecodeTrace/DecodeSignal: Rework trace drawing interval

Before, we'd redraw the decode trace every n annotations that
came in. However, that causes a lot of unnecessary redraws
when we're zoomed out relatively far and makes the UI less
responsive in return.

Instead, use a one-shot timer with a fixed delay to redraw
the trace after data has been processed. This way, there is
an upper bound to how often we redraw the trace while at the
same time providing a fixed interval at which we update,
regardless of how many annotations came in, making the
trace fill up continuously.

With that in place, we can also remove annotation_count_
and inc_annotation_count().

DecodeSignal: Fix restarting the decode after reloading file

DecodeSignal: Improve auto_assign_signals() matching

Before, signals named "SCL analog" and "SDA analog"
wouldn't be assigned to an I2C decoder.

DecodeSignal: Rework samplerate handling

Before, running an acquisition, then changing the
samplerate and then running the acquisition again
would result in the wrong (i.e. previous) samplerate
to be used for SRD. This patch fixes this.

DecodeSignal: Use signals for new data notification, not session

DecodeSignal: Change srd session handling

Before, we would hold onto the global srd mutex until all data
was processed and then destroy the srd session, making it
necessary to re-create the srd session (and thus run all data
through the PD again) when new data comes in.

This patch changes this so that we keep the srd session around
when we wait for input data, allowing us to re-use the existing
session when new data comes in. Also, this enables us to
release the global srd mutex when waiting, which wasn't
possible before.

Implement logic data muxer thread

Multiple changes in one commit due to complexity:
1) data::decode::Decoder: Make use of the DecodeChannel struct for
channel assigments

2) DecodeSignal: Store DecodeChannel list in vector, not map

3) DecodeSignal: Remove unused get_data()

4) Remove boost::optional usage

5) Use DecodeSignal::segment_ as the container for muxed
logic data

6) Implement the DecodeSignal::logic_mux_proc thread and its
helper method mux_logic_samples()

7) Update DecodeSignal::decode_proc() to interface with the
logic muxer thread

8) Remove no longer needed DecodeSignal::wait_for_data()

SignalBase: Make ConversionBlockSize a class constant

Merge DecoderStack into DecodeSignal

Several changes make up this commit, which unfortunately
can't be separated:

1) Move decoder stack management from DecoderStack to
DecodeSignal, thereby making DecoderStack unnecessary

2) Change the decoder stack from std::list to an
std::vector for direct decoder access

3) Introduce logic_mux_thread which will take care
of muxing the individual SignalBases' logic data into
(cached) logic data that libsigrokdecode expects.
This is necessary as we can no longer do simple bit
mapping within a single logic data segment's logic
data as we now may feed from multiple logic data
segments at once

4) Refactored the creation of decode traces, making
it more streamlined and flexible while simplifying
the class interface

5) Refactored the auto-assignment of channels

6) Refactored is_decode_signal()

7) Reworked decode signal save/restore, allowing
proper handling and with the decoder stack now
being part of the signal, easier save/restore of
the stack and its settings

Rework decode sample count getters

Remove DecodeStack dependency from decode binding wrapper

Move more functionality into DecodeSignal

Rework decode channel auto-assignment

Re-use DecodeTrace::ChannelSelector as DecodeChannel

Shift more methods to DecodeSignal

Introduce DecodeSignal class

For starters, we equip it with some basic wrappers
around the decode stack, rework the annotation signal
a little and use the new DecodeSignal in favor of the
SignalBase class.

Revert 33d5aa61e77e61f700a8 to re-enable A2L conversion

INSTALL: Bump requirement to libsigrokcxx >= 0.6.0.

PulseView now uses APIs that are only available in
libsigrokcxx >= 0.6.0.

Minor Doxygen comment cosmetics.

doc: Update pulseview(1) manpage, add --driver option (-d)

main window: Prefer the user specified device in new sessions

Prefer the device that was found with user provided scan options when a
-d command line option was specified. Stick with the previous selection
of "genuine" devices before demo otherwise (when nothing was found, or
when -d was not specified).

device manager: Add support for -d cmdline option (driver scan options)

The previous implementation had support to auto-detect devices and to
connect to and pick devices by filling in dialogs, optionally providing
scan options that did not apply to auto-detection. This commit extends
the existing support by introducing a -d command line option similar to
sigrok-cli.

In the absence of the -d command line option, behaviour is identical to
the previous implementation. When -d is provided, the specified driver
is excluded from the auto-detection phase, and another scan is executed
afterwards where the user specified scan options take effect. This shall
result in least interaction and highest reliability of device detection,
while flexibility is increased.

Here are examples of what the -d command line option can do:

  $ pulseview -d ols:conn=/dev/ttyACM0
  $ pulseview -d fx2lafw
  $ pulseview -d demo:logic_channels=32:analog_channels=8

This fixes bug #953.

device manager: Move filter for supported devices to the scan routine

Move the check for supported monotonic rate devices from the call site
into the actual scan routine.

The scan routine already used to (store and) return a variable length
set of found devices including none, and call sites can cope with this
situation. Pending extensions may call the scan routine several times,
and callers shall not duplicate the extra test condition. While we
expect the specific test for what's supported to change in the future.

session: Add support for input format options (-I cmdline parameter)

The previous implementation supported the selection of an input format
by means of the -I command line option. This commit extends the feature
by adding support for colon separated input format options similar to
sigrok-cli.

This allows users to open files from the command line which previously
became only available after filling in dialogs, and resulted in errors
in the absence of options. Here is an example of how to use the option:

  $ pulseview -I csv:header:first-channel=2 -i filename.csv

This fixes bug #951.

util: Introduce string tokenize helper routine

Introduce a helper routine which splits a string into tokens that were
separated by a delimiter.

Fix #982 by correcting the bounding rect for the message

CMakeLists.txt: Bump package version to 0.5.0.

0.5.0 will be the next major release. Bump now, so that
there is no confusion of tarball 0.4.0 and 0.5.0-git snapshots.

HACKING: Prefer git pull requests over mailing list patches.

Also, drop the reference to gitorious.org (no longer available).

HACKING: Update URL to Linux kernel coding style.

NEWS: Add list of user-visible changes so far.

View: Prevent header from being resized when view is resized

CMakeLists.txt: Install the PulseView icons.

CMakeLists.txt: Install the AppData/AppStream file.

CMakeLists.txt: Install the desktop file.

Rename sigrok-logo-notext.ico to pulseview.ico.

Rename sigrok-logo-notext.svg to pulseview.svg.

Rename sigrok-logo-notext.png to pulseview.png.

This is more specific and prevents any potential issues e.g. when
multiple distro packages might ship with a generic file like
sigrok-logo-notext.png that's supposed to be installed in the same place.

contrib/sigrok_mimeinfo.xml: Drop, moved to libsigrok.

Adjust trace view namespace

Move trace view files

DeviceManager: Don't perform scans with DMM drivers

View: Improve 2a9fcd621 by using settings_restored_

The timer is no longer needed as the introduction of
settings_restored_ allows us to determine whether we
should resize the trace label header to its proper
width when the show event is received.
This is because the show event is received only after
all widget resizing took place. This means that the
header pane sizes will be reliable at this point,
making this solution much cleaner than relying on
a timer repeatedly calling expand_header_to_fit().

Settings: Add method to set settings defaults

Main(Window): Let the UI and sessions be restored after w.show()

View: Set scroll_needs_defaults_ to true by default

Settings: Refactor out a checkbox creator method

Settings: Only show initial pin config UI elements if enabled

Settings: Add decoder settings page

DecodeTrace: Change initial pin config description from ? to X

Fix #970 by making sure the session state handler can be called

Before, the session did call Session::stop_capture() and fired
the signal to notify of its capture state change. However, the
Session object was deleted before the next run of the Qt event
loop. As the Qt event loop dismisses signals originating from
deleted objects, the connected event handler
MainWindow::on_capture_state_changed() was never called.

To remedy this, we call Session::stop_capture() before the
destruction of the object and force a run of the event loop
immediately afterwards. This way, the event handler is called
and the run/stop button updated properly.

Fix #775 by catching and handling the thrown exception

MainWindow: Don't try to close a session when there is none

View: Introduce settings_restored_

This way, UI elements can decide whether they can change UI
settings or whether they are already using user-set values.

Update man page

Update cli usage hint and remove unnecessary description text

I don't know any cli tool that shows a description text
on the same line as the usage and sigrok-cli doesn't do it
either, so it shouldn't be there.
As I don't see any other place where it would make sense,
I remove it completely.

Replace non-ASCII characters

Fix #862 by implementing -c / --clean

Fix #969 by scheduling another call after a small delay

Drop some trailing whitespace.

Fix sigrok spelling in two places.

permit file names not containing dots on import

Allow users to set initial pin states for decoders.

This uses the new srd_inst_initial_pins_set_all() libsigrokdecode API
which allows frontends to set the assumed initial pins (i.e., the assumed
state of the pins before the first sample of a capture) to user-specified
values.

The assumed initial pins can be either low, or high, or "use same value
as the first sample of the capture".

Installer: Whitespace consistency fixes.

Device: Minor whitespace change

Device: Make capability listing more robust

Installer: Rename Examples.lnk

Installer: Remove examples start menu entry when uninstalling

View: Optimize header pane sizing

Before, the header pane didn't resize to accomodate all signals
when a new session was created and a driver selected (e.g. demo).
To fix this, the header pane autosizing was put in a method of
its own and is now called when new signals are added.

Also, the name of header_fully_visible() needed adjustment
because it also returned true when it *wasn't* 100% visible
due to the margin of error that we permit. It's now called
header_was_shrunk() and its return value logic inverted.

Installer: Add "PulseView" to uninstaller/Zadig links.

Windows 10 merges all links of the same vendor ("sigrok" here) into one
section in the Start menu. If PulseView and sigrok-cli are installed,
there will be two "Uninstall" links and the user will not know which one
uninstalls which program.

Installer: Place set of example .sr files in separate section

Installer: Update icon cache also after uninstallation

Installer: Force icon cache refresh

Fix #964 by adding an option to register the .sr extension with PV

Don't use Q_EMIT, it's not needed anymore

The Q_EMIT macro (just like the regular Qt emit) is syntactic
sugar to let people who read the code know that a method call
placed somewhere is actually a signal.

We don't use Q_EMIT consistently throughout PV and I don't
think it's really needed anyway, so this patch removes the
few remaining instances.

View: Limit header pane width

View: Save/restore splitter state

Remove Header::BaselineOffset and move arrows as needed instead

The baseline offset was used to keep 5px of distance between
the tip of the arrow and the scroll area. This way, the shadow
that is drawn around the arrow when it's selected won't get
cropped.
However, we can do this differently: instead of always keeping
the empty space around, we make the arrows align at the edge
of the widget space as they should and when they're selected,
we push them aside to the left so the shadow can still be
painted without cropping.

Logically, one would assume that the arrow's label also should
be moving left but I decided against it because this way it
looks as if the arrow didn't actually move, keeping all arrow
labels lined up.

Fix #957 and #874 by implementing the pane splitter